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有230万种树木......一个不错的开始!

昨天刚刚出版的“美国国家科学院院刊”的早期版本,是一篇思想开阔,一起工作的文章,证明即使是混乱和不完整的科学也非常有用,值得出版

“将系统发育和分类学整合到一个综合的生命之树”,来自13个机构的22位作者(由美国国家科学基金会资助)提出他们最初的努力建立一个树模拟地球上所有生物是如何相关的,它们的树可以在线获得每个人都采用开源格式,以便每个人都可以自由地探索它,研究人员可以自己添加数据这个项目引起了本周的广泛新闻,从科学新闻CNET到基督教科学箴言报,但为什么呢

为什么一个疯狂而复杂的图表如此重要

嗯,首先,树木对于了解生物体与其他生物体的关系非常重要生物学的重要性有很多原因无论您是在寻找潜在的抗旱作物,更有效的抗生素,最佳模型特异性研究疾病生物体或者是最有前景的藻类物种,它们可以帮助寻找密切相关物种的线索

树木非常有用,它们已经成为生物研究的标准组成部分 - 无数的系统发育(根据它们的共同特征组织物种所产生的树木)虽然斯蒂芬妮在她的四个人身上,但是已经为所有有机体生成了东西

这部分是“你说这棵树吗

”以这种微妙的方式解释这一系列的树木(这里,这里,这里和这里),系统发育树是由具有许多嵌入选项的计算机程序生成的模型,并且改变各种参数的权重可能导致树木轻微或形状明显不同此外,使用不同基因或基因组生成的树木可以给出关于哪个物种最密切相关的不同答案,并记住并非所有树木都基于基因序列;比较形态差异的树木也很重要(事实上,对于化石来说,它们几乎是城里唯一的游戏

最后,根据研究人员试图强调的,同一棵树可以用不同的方式绘制你是一个巨大的生命之树

一种方法基本上是开始过度使用 - 直接从序列数据库中使用信息从头开始生成一个全面的生命树,但它忽略了数千个详细和详细的系统发育几十年来,相反,研究人员选择了另一个方法并开发了一个将这些系统发育结合到一棵树中的程序将成千上万的系统发育树组合成一个大而全面的生命树的任务被证明是极具挑战性的,所以作者把它拉下来是值得称赞的(同时也是国家科学基金会)他们建议资助一些如此雄心勃勃的作品

作者是第一个承认版本发布的粗略草案昨天编辑;在2010年至2012年间发表的大约7,500个系统发育中,它们仅合并484为什么少

嗯,物种名称和缩写不一致,树木彼此不一致,并且 - 最大的问题 - 树木作为没有基本数据的图像发布总体而言,用于生成数字形式树木的基本数据只能在六,研究换句话说:数据非常混乱,技术上很难,我们可以说项目没有完成,因为所代表的物种很少,我说很少 - -23万可能听起来很多,但实际上衰退2011年的一项研究估计,地球上的物种总数约为8700万,并且因为对某些生物的大量低估而受到批评

例如,它估计了10,000种物种的细菌多样性,即细菌物种的数量

在平均茶匙土壤中发现其他群体 - 如单细胞真核生物和线虫 - 比我们用自己的眼睛看到的植物和动物更关心更少,我们可能只发现一个这些群体中的一小部分使得总物种很容易产生数十亿甚至数百万种物种

然而,这个项目的优势在于确定了这些物种,以及各种微生物,昆虫,藻类,蠕虫,硅藻的系统发育,等等 一旦生成,这些新的系统发育基因可以直接整合到这个全面的开源树中

因此,随着我们的了解,树将变得更加完整和更有用

这项工作有可能为组织生物信息学提供一个巨大的框架 - 当前的分散信息分布在成千上万的单独研究中,并且不可能

可搜索的形式提供了合成信息的努力,使研究人员能够看到比他们自己的生物学特定角落更大的图像,可能使生物学家更有效率,并确实改善所有生物学当然,价值这项研究会引起争议,会有混乱,偶尔可能会对与之相关的人进行重大的重新评估,但重要的是要有一个普通的沙箱,每个人都可以从长远来看看,所有重要的问题参与生物学研究 - 健康,农业,能源和环境保护 - 将更容易解决

2017-04-13 18:05:29

作者:司徒殴瑗